Quand la substitution de base légale prime sur la composition de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires.
Dans une décision regrettable du 23/12/2025, (Conseil d'État, 3ème - 8ème chambres réunies, 23/12/2025, 491806), en annulant un arrêt de la cour administrative d'appel de Lyon et en faisant droit à la substitution de base légale sollicitée par l'administration, le Conseil d’Etat retient que la seule circonstance que la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires avait siégé dans la composition prévue pour la détermination du bénéfice industriel et commercial, conformément à la base légale initialement retenue par l'administration, et non dans celle prévue pour la détermination du bénéfice non commercial n'était pas, par elle-même, de nature à priver le contribuable de la garantie tenant à la possibilité de saisir la commission.
Cette décision défavorable au contribuable participe d’une interprétation restrictive du Conseil d’Etat quant à la garantie offerte au contribuable, lorsque le désaccord persiste sur les rectifications notifiées, de demander à l’administration de soumettre le litige à l'avis de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires prévue à l'article 1651 du code général des impôts.
La cour administrative d’appel de Lyon avait, au contraire, refusé de faire droit à la substitution de base légale sollicitée par l'administration qui entendait maintenir l'imposition en litige en déterminant les bénéfices d’une EURL, soumis à l'impôt sur le revenu entre les mains de son associé, par application des règles relatives aux bénéfices non commerciaux plutôt que de celles relatives aux bénéfices industriels et commerciaux. En effet, pour la cour administrative d’appel de Lyon, la seule circonstance que la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires, saisie à la demande du contribuable avait siégé dans la composition prévue pour la détermination du bénéfice industriel et commercial, conformément à la base légale initialement retenue par l'administration, et non dans celle prévue pour la détermination du bénéfice non commercial, avait pour effet de priver le contribuable d'une garantie attachée à la nouvelle base légale envisagée.
Le principe de substitution de motif ou de base légale
La substitution de motif ou de base légale constitue pour l’administration un outil formidable pour réparer d’éventuelles erreurs juridiques qu’elle aurait commises. Si cette possibilité n’existait pas, des contribuables pourraient échapper, par chance (puisque l’administration aurait commis une erreur de fondement juridique de l’imposition en question), à une imposition à laquelle ils étaient normalement soumis. L’administration n’est donc pas liée par les arguments et fondements juridiques qu’elle a invoqués dans le redressement qu’elle a effectué. Devant le juge de première instance comme devant le juge d’appel, si l’administration s’aperçoit que les arguments ou les fondements juridiques utilisés ne sont pas les bons et que cela peut permettre au contribuable de faire tomber les impositions, elle est en droit de modifier les éléments avancés initialement dans la proposition de rectification pour invoquer les moyens et fondements adéquats afin de maintenir les impositions litigieuses. Par exemple, l’administration peut avoir taxé un revenu, comme étant un BIC, en se fondant sur les dispositions relatives à cette catégorie de revenus. Rien ne l’empêche, s’il s’avère que ce revenu n’est pas du BIC, mais un BNC, de maintenir son imposition et invoquer les dispositions appropriées.
Mais cette possibilité offerte à l’administration ne doit pas avoir privé le contribuable d’une garantie dont il aurait bénéficié au titre du nouveau fondement invoqué par l’administration fiscale, comme par exemple le droit d’avoir porté le litige devant la commission départemental des impôts, ce qui n’aurait pas été le cas, avec le premier fondement retenu. Dans un arrêt du 20 juin 2007, le Conseil d’Etat a rappelé clairement que si l'administration peut, à tout moment de la procédure, invoquer un nouveau motif de droit propre à justifier l'imposition, une telle substitution ne saurait avoir pour effet de priver le contribuable de la faculté, prévue par les articles L. 59 et L. 59 A du livre des procédures fiscales, de demander la saisine de la commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires, lorsque celle-ci est compétente pour connaître du différend relatif à une question de fait dont la solution commande le bien-fondé du nouveau motif invoqué par l'administration.
Dans l’arrêt du 20 juin 2007, les impositions litigieuse à laquelle la société avait été soumise résultaient de la remise en cause de la déduction d'une provision pour dépréciation de licences de transport. L'administration a procédé à la réintégration de la provision lors de la procédure de rectification contradictoire en soutenant que le motif pour lequel la provision était constituée, en l’occurrence, un changement de réglementation, ne constituait pas un événement rendant probable la dépréciation des licences de transport antérieurement acquises, et, faisant valoir qu'il s'agissait là d'une question de droit échappant à la compétence de la commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires. Devant la cour administrative d'appel, l’administration a abandonné le motif initial, que le tribunal administratif avait jugé infondé, et soutenu que la réintégration de la provision était justifiée du fait que son montant ne correspondait pas à une évaluation suffisamment précise de la dépréciation des licences que détenait la société. La cour administrative d'appel, estimant que le nouveau motif soulevait une question de fait relevant de la compétence de la commission départementale des impôts, a jugé que sa substitution au motif initialement retenu par l'administration, sans que la société ait bénéficié de la garantie que constitue la consultation de cette commission, ne pouvait pas être admise. En cassation, le Conseil d’Etat a confirmé la position de la Cour d’appel en rejetant le pourvoi formé par l’administration contre l’arrêt d’appel (Conseil d'État, 9ème et 10ème sous-sections réunies, 20/06/2007, 290554). Il ressort aussi de l’avis du Conseil d’Etat du 1er avril 2010 que « si l'administration peut, à tout moment de la procédure contentieuse, y compris pour la première fois en appel, invoquer tout nouveau fondement à une imposition contestée devant le juge de l'impôt, c'est à la condition qu'un débat contradictoire ait lieu sur ce point devant le juge et que le nouveau fondement invoqué ne prive pas le contribuable des garanties de procédure prévues par la loi » ( Avis n° 334465 du 1er avril 2010).
En revanche l'administration peut demander qu'une imposition établie sur le fondement de l'article L 64 du LPF relatif à l'abus de droit soit maintenue sur le fondement de la fraude à la loi, dès lors que cette substitution de base légale ne prive le contribuable d'aucune garantie de procédure, la commission départementale des impôts n'étant pas compétente pour apprécier si les opérations litigieuses pouvaient être qualifiées de fraude à la loi (CE 8e -3e s.-s. 7-9-2009 n° 305586, min. c/ SA Axa).
Dans le même sens, il a été jugé que l'administration, qui a taxé une plus-value de cession de valeurs mobilières dans la catégorie des RCM est fondée à demander en cours d'instance, par substitution de base légale, la taxation de cette plus-value sur le fondement de l'article 92 B du CGI dès lors que le contribuable n'a été privé d'aucune garantie de procédure du fait de l'application de la nouvelle base légale, et notamment pas de celle attachée à la saisine de la commission départementale, incompétente pour connaître du litige (CAA Paris 12-5-2010 n° 08-4607).
De même, l'administration peut demander en appel qu'une imposition établie à tort dans la catégorie des BIC soit maintenue par substitution de base légale dans la catégorie des BNC, dès lors qu'en l'absence d'une déclaration spéciale le montant du bénéfice non commercial pouvait être arrêté d'office (CAA Nantes 31-12-1991 n° 1231). L'administration est fondée à demander que l'article 109, 1-2° du CGI soit substitué à l'article 109, 1-1° de ce Code comme fondement de l'imposition de revenus distribués, dès lors que cette substitution de base légale ne prive le contribuable d'aucune des garanties de procédure prévues par la loi (CE 3e - 8e s.-s. 5-1-2005 n° 254831).
Lorsque l'administration propose une substitution de base légale, le juge vérifie d'office si la procédure d'imposition liée à la nouvelle base invoquée a été régulièrement suivie (CE 8e - 9e s.-s. 22-5-1992 n° 63849). Ainsi, lorsqu’il est saisi d'une demande de substitution de base légale, le juge doit vérifier d'office que la substitution proposée ne prive pas le contribuable d'une garantie de procédure prévue par la loi (CE 8e - 3e s.-s.1-12-2004 n° 250344).
La substitution de base légale et l’incidence sur la composition de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires.
L'article L. 59 du livre des procédures fiscales prévoit que lorsque le désaccord persiste sur les rectifications notifiées, l'administration, si le contribuable le demande, soumet le litige à l'avis de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires prévue à l'article 1651 du code général des impôts. La composition de cette commission est différente en fonction de la catégorie de revenu qui est en litige.
En effet, aux termes de l'article 1651 du code général des impôts, dans sa rédaction alors applicable, la commission, présidée par le président du tribunal administratif, par un membre de ce tribunal désigné par lui ou par un membre de la cour administrative d'appel désigné, à la demande du président du tribunal, par le président de la cour, comprend en outre trois représentants des contribuables et deux représentants de l'administration.
En ce qui concerne la désignation des représentants du contribuable, l'article 1651 A du code général des impôts précise que pour la détermination du bénéfice industriel et commercial, les représentants des contribuables sont désignés par les chambres de commerce et d'industrie ou les chambres de métiers et de l'artisanat alors que pour la détermination du bénéfice non commercial, les représentants des contribuables sont désignés par l'organisation ou l'organisme professionnel intéressé. L’organisme qui désigne les représentants du contribuables qui siègent aux côtés des représentants de l’administration n’est donc pas le même selon que le litige porte sur les BIC ou les BNC.
Dans l’affaire commentée (Conseil d'État, 3ème - 8ème chambres réunies, 23/12/2025, 491806), à la suite d'une vérification de comptabilité, portant sur les années 2015, 2016 et 2017, d’une EURL qui exerce une activité d'agent commercial dans la vente de tissu en gros et dont les bénéfices sont imposables à l'impôt sur le revenu entre les mains de son associé unique et gérant, l'administration fiscale a remis en cause le bénéfice du régime d'exonération d'impôt sur les bénéfices prévu par les dispositions de l'article 44 octies A du code général des impôts en faveur des contribuables créant ou exerçant une activité en zone franche urbaine. Elle a donc rehaussé les bénéfices de l'EURL dans la catégorie des bénéfices industriels et commerciaux et assujetti en conséquence l’associé à des cotisations supplémentaires d'impôt sur le revenu et de contributions sociales, assorties de pénalités, au titre de ces trois années.
Contestant ces impositions supplémentaires, le contribuable a demandé au tribunal administratif de Lyon de prononcer la décharge des impositions. Le tribunal administratif ayant rejeté sa demande, le contribuable a fait appel du jugement devant la cour administrative d'appel de Lyon. Cette dernière a relevé d'office l'erreur de catégorie d'imposition des bénéfices de l'EURL. En effet l’EURL aurait due être imposée en BNC et non en BIC. L’administration a lors fait une demande de substitution de base légale, en invoquant l’imposition dans la catégorie des BNC, c’est-à-dire en demandant de maintenir l'imposition en litige, tout en déterminant les bénéfices de l'EURL, soumis à l'impôt sur le revenu, par application des règles relatives aux bénéfices non commerciaux plutôt que de celles relatives aux bénéfices industriels et commerciaux.
Or, le litige avait été soumis à l’avis de la commission et celle-ci avait été composée selon les modalités des litiges relatifs aux BIC et non aux BNC, sachant que dans la première hypothèse, les représentants des contribuables à cette commission sont désignés par les chambres de commerce et d'industrie ou les chambres de métiers et de l'artisanat alors que dans la seconde hypothèse, ces mêmes représentants sont désignés par l'organisation ou l'organisme professionnel intéressé.
La cour administrative d'appel de Lyon a donc refusé de faire droit à la demande de substitution de base légale du redressement en bénéfices non commerciaux. En effet, pour la cour administrative d'appel, la seule circonstance que la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires avait siégé dans la composition prévue pour la détermination du bénéfice industriel et commercial, conformément à la base légale initialement retenue par l'administration, et non dans celle prévue pour la détermination du bénéfice non commercial avait pour effet de priver l'intéressé d'une garantie attachée à la nouvelle base légale envisagée. Pour la cour administrative d'appel, faire droit à cette demande de substitution de base légale sollicitée par l’administration, reviendrait à priver le contribuable d'une garantie attachée à la nouvelle base légale envisagée.
Mais, malheureusement, le Conseil d’Etat ne l’entend pas de cette oreille. Pour le Conseil d’Etat, en statuant ainsi, alors que cette circonstance n'était pas, par elle-même, de nature à priver le contribuable de la garantie tenant à la possibilité de saisir la commission et qu'il lui appartenait de rechercher si la substitution sollicitée soulevait de questions nouvelles, entrant dans le champ de compétence de la commission, que le contribuable n'avait pas été en mesure de lui soumettre, la cour administrative d'appel a commis une erreur de droit.
L’arrêt de la cour administrative d'appel de Lyon est ainsi annulé par le Conseil d’Etat alors que, même si la substitution sollicitée ne soulevait pas de questions nouvelles, entrant dans le champ de compétence de la commission, la seule composition de la commission aurait pu avoir une incidence sur l’avis rendu. Il est ainsi regrettable que cette substitution de base légale prime sur la composition de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires.
Conseil d'État, 3ème - 8ème chambres réunies, 23/12/2025, 491806
Arnaud Soton
Avocat Fiscaliste
Professeur de droit fiscal
Auteur du livre "Procédures Fiscales en France"